Между тем в системе МЧС он проработал около 20 лет. Еще в 1993 году Зубков вступил в должность начальника штаба по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям – заместителя начальника гражданской обороны Курской области. В 1997-м стал начальником Главного управления по делам ГО и ЧС – заместителем начальника ГО Курской области. А с 2005 года возглавлял то самое Главное управление Министерства РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий по Курской области, которое недавно покинул.
Его заслуги в становлении областной спасательной системы несомненны: под руководством Василия Зубкова региональное Главное управление МЧС России по итогам 2005 и 2009 годов было признано лучшим среди субъектов РФ, неоднократно завоевывало звание лучшего в ЦФО. Сам генерал награжден орденами «За службу Родине в Вооруженных силах СССР» III степени, «За военные заслуги», «За заслуги перед Отечеством» IV степени; имеет ведомственные знаки отличия МЧС России.
Теперь Василий Николаевич продолжает хорошо знакомую ему работу на гражданской службе: должность вице-губернатора он совмещает с постом председателя нового комитета по осуществлению полномочий в области гражданской обороны, защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций и пожарной безопасности Курской области.